汉灵帝中平元年（公元184年）春季正月，钜鹿人张角起兵造反。
张角原本是一名宗教人士，他尊奉黄帝、老子，向弟子们传授妖术，号称“太平道”。张角的弟弟张宝和张梁都自称大医，用念咒施符水的方法来给人疗病；每当治病之时，他们都令病者跪拜、忏悔自己的过错，有些人因此而获得痊愈，所以越来越多人相信张角兄弟有神力相助。于是张角分派弟子们到四方云游，传播“太平道”，诱骗百姓信教，十馀年间，教徒壮大到十余万人，遍布青、徐、幽、冀、荆、扬、兗、豫八州，传道之处，百姓莫不毕应。张角便设置三十六方的编制，所谓的“方”就像将军一样，“太平道”内的称号。大方约有一万人，小方至少也有六七千人，每方都设立将帅，组织严密。
眼见时机成熟，张角便提出“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的口号，认为汉朝即将灭亡，百姓应群起响应。张角又派人用白土在京城寺门及州郡官府的墙壁上写满“甲子”字样，进行宣传鼓动。百姓闻风响应，竞向弃卖财产、流移奔赴，纷纷去投靠张角，导致道路填塞，甚至有数万人病死在路上。郡县官员不了解情况，反而说张角善于用宗教来教化百姓，所以民众都崇拜他，这并没什么大不了的。
到了中平元年，大方马元义等召集荆州、杨州数万人，约定聚集在邺地起义。马元义多次往来京师，与中常侍封谞、徐奉等密谋，令其为内应，约定要在三月五日这天发起兵变，推翻汉朝。他们未及作乱，不料张角的弟子济阴人唐周向朝廷上书告密，导致阴谋败露。于是朝廷收捕马元义，将他车裂于雒阳。汉灵帝将唐周的告密奏章下发给三公、司隶，使钩盾令周斌带领三府掾属，调查宫中卫士及民间百姓有信奉“太平道”的，共诛杀教徒一千余人，又下令冀州官府立即追捕张角等人。
二月，张角等知道事情已败露，于是连夜飞书传报诸方将领，各地“太平道”的军队共同起兵，同日反叛，他们都头戴黄巾以为标帜，故而被当时的人称为“黄巾”，也有人蔑称之为“蛾贼”。在起义号角吹响之后，黄巾军杀人以祭天；张角自称“天公将军”，张宝称“地公将军”，张梁称“人公将军”，他们领兵焚烧官府，劫略都市，汉朝州郡不能固守，官员长吏大多逃亡；旬月之间，天下百姓都响应黄巾，安平、甘陵等地的百姓都抓住汉朝的地方候王、攻打官府，导致京师震动。
在黄巾起义爆发之前，汉朝的官员不是没人预感到即将到来的危险。
当初，张角刚伪托大道，妖惑小民之时，杨赐正担任在司徒官，他召属员刘陶到跟前，对他说：“张角等虽然被特赦却不知反悔，反而令其信徒滋蔓，现在如果令州郡官员捕讨“太平道”信徒，恐怕会引起更大的骚乱，反而加速了祸患。不如令州郡清查流民，将其人众分散，各自送归本郡，以孤弱其党，然后再诛杀大方渠帅，擒其首谋，如此可不劳而定，怎样？”刘陶回答说：“这是《孙子》所谓‘不战而屈人之兵’的道理，是高明的做法。”
之后杨赐去位，刘陶追思前事，与奉车都尉乐松、议郎袁贡连名上疏皇帝，说：“圣王以天下耳目为视听，所以才能无不闻见。如今张角的支党数量不可胜数。前司徒杨赐之前曾奏下诏书，敕令州郡，护送流民，以防变乱，恰逢会刘赐去位，州郡不复捕录。虽‘太平道’信徒得到赦令，而仍旧密谋，不肯不解散。四方传言，说张角人等曾偷偷潜入京师，觇视朝政。其在各地的党徒暗地里遥相呼应。州郡官员怕如实呈报会受到朝廷的处分，不愿上奏，只是私下相互间通知，不肯用公文的形式来通报。为此，建议陛下公开颁发诏书，悬重赏捉拿张角等人，以封侯作为奖赏。官员中若有胆怯回避者，与张角等人同罪论处。”
汉灵帝并不采纳这个建议，他认为张角等人成不了什么气候。当时正命刘陶编订《春秋条例》，无暇顾及黄巾。次年，张角果反乱，海内鼎沸。
起义之后，朝廷的反应三月，戊申，朝廷以河南尹何进为大将军，封慎侯，令他率领左右羽林、五营营士屯驻在都亭，负责修理器械，镇守京师；朝廷在函谷、太谷、广成、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等处设八关都尉，以此来防备张角的黄巾军也。
何进，字遂高，是南阳宛人。他同父异母的妹妹被选入宫中成为贵人，有宠于汉灵帝，何进因此官拜郎中，又升任虎贲中郎将，出为颍川太守。何贵人被立为皇后之后，汉灵帝征何进进京，任命为侍中、将作大匠以及河南尹。当初，张角别党马元义等密谋在洛阳反叛，何进发露其阴谋，故而被朝廷封为慎侯。
汉灵帝召集群臣举行会议。北地太守皇甫嵩认为应当解除党禁以安抚士人，多出国库藏钱、西园厩马来赏赐军士，激励将卒，以便快速平叛。
皇甫嵩，字义真，是皇甫规的侄子也，他的父亲叫皇甫节，曾任雁门太守。皇甫嵩小时候就有文武志向，既喜欢读《诗》、《书》，又热爱弓马骑射。他先后被乡里举荐为孝廉和茂才。太尉陈蕃、大将军窦武连年征召，皇甫嵩都不肯应征。直到汉灵帝征拜，他才出任议郎，晋升为北地太守。
汉灵帝又问计于中常侍吕强，吕强回答说：“党锢持续太久了，人心日益怨愤，如果不进行赦宥，那么士人们都会与张角合谋，导致变乱扩大，到时候后悔就来不及了。如今应请先诛杀左右贪浊的官员，下令大赦党人，对各级官吏进行考察，清洗贪官污吏，依次来收复人心，如此则盗贼就会被平息了。”汉灵帝感到恐惧，采纳了吕强的建议。
壬子，朝廷下诏大赦天下党人，被流放的人也得到赦免，只有张角党羽不在被赦免的名单里。朝廷又下诏令公卿贵族捐献马匹、弓弩，让名将子孙及吏民中有懂得军事战术的人，到官府去报道。汉朝发动天下精兵，派北中郎将卢植去讨伐张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁奉命讨伐颍川地区的黄巾。
庚子，南阳黄巾张曼成攻杀太守褚贡。
汉灵帝又向太尉杨赐咨询平定黄巾的办法，杨赐应对切直，冒犯君颜，汉灵帝很不高兴。
夏，四月，杨赐被免职，太仆弘农邓盛继任太尉。不久之后，汉灵帝翻阅旧奏疏，发现之前杨赐与刘陶所上关于张角的奏疏，知道杨赐有先见之明，于是封杨赐为临晋侯，刘陶为中陵乡侯。
司空张济被罢免；大司农张温继任司空。
何进
十常侍浊乱政，谗杀正人汉灵帝出自侯家，因桓帝无子，才得以入继大统。在这之前他的家业很贫乏，常叹桓帝不能料理家事，导致国库亏空，故而灵帝继位后，更加重视蓄积国库，又将数千万寄存在小黄门常侍那儿。当时中常侍赵忠、张让、夏恽、郭胜、段珪、宋典等都被封为侯，备受贵宠，灵帝常说：“张常侍是我公，赵常侍是我母。”所以宦官更加无所惮畏，都争相建筑住宅，华丽程度堪比宫室。灵帝曾欲想要登上永安候望台，宦官们害怕自己的住宅被看到，于是暗使中大人尚但谏灵帝说：“天子不当登高，登高则百姓虚散。”灵帝从这之后不敢再登台榭。
等到封谞、徐奉与黄巾通谋的事情败露，灵帝追究诸常侍说：“你们常说党人想要作乱，都把他们禁锢起来，甚至处死。如今党人为国出力，你们宦官反而与张角通谋，是不是该斩？”诸常侍都叩头说：“这是王甫、侯览做的事，与我们无关！”于是诸常侍人人求退，各自征还在州郡的宗亲、子弟。
赵忠、夏恽等集体中伤吕强，污蔑他与党人共议朝廷，多次阅读《霍光传》，还说吕强兄弟涉嫌贪秽。灵帝派中黄门带着兵器去传唤吕强。吕强得知灵帝传唤自己，怒道：“吾死，乱起矣！丈夫欲尽忠国家，岂能对狱吏乎！”于是自杀而死。赵忠、夏恽又继续污蔑说：“吕强看到被传唤，还不知会被问什么问题，就畏罪在外野草中自杀，说明他肯定有问题。”于是朝廷收捕吕强的宗亲，没入财产。
侍中河内向栩上书言事，指责皇帝的身边人。张让就诬告说向栩与张角同心勾结，想做黄巾的内应，于是朝廷将向栩收送到黄门北寺狱，杀之。
郎中张钧上书曰：“我认为张角之所以能兴兵作乱，百姓都愿意依附他，其根源都在于十常侍，他们多放纵父兄、子弟、婚亲、宾客占据州郡，垄断财利，侵掠百姓；百姓受冤，无所投诉，所以才谋议造反，聚为盗贼。应当斩杀十常侍，把他们的头悬挂在南郊，以谢百姓，然后派遣使者布告天下，如此可以不用兴师就能平定叛乱。”
汉灵帝将张钧的章出示给诸常侍看，诸常侍都脱掉帽子，纷纷跪拜，乞求到雒阳诏狱去自首，并出家财以充助军费。灵帝下诏，赦免诸常侍，令其冠履视事如故。灵帝骂张钧说：“此真狂子也！十常侍固常有一人善者不？”御史望风承旨，于是诬奏说张钧学习黄巾道术，将其收掠，害死于狱中。