八旗是清代最具特色的一种政治体制，关外时期它既是一种军事组织，又是一种经济组织，并且带有一定的私属性。入关后，在八旗内部，依据不同的从属关系，逐步确立了两层关系：第一层是上三旗与下五旗的关系；第二层是内务府三旗与外八旗的关系。这里就此两个问题分开来讲。
一、上三旗与下五旗
清太祖努尔哈赤晚年，沿用过去的遗制，将八固山（八旗）作为家族的私产，在亲近子侄中分配。领旗的旗主（和硕贝勒）享有经济、政治上的特权。清太宗皇太极即位以后，为强化自己的统治，在八旗内增设管旗大臣，由大臣牵制八旗诸王，又陆续削夺阿敏、莽古尔泰两大旗主，直接统辖正黄旗、镶黄旗、正蓝旗，但其余各旗仍分别由和硕亲王执掌。
顺治元年（1644年），世祖福临冲龄即位，叔父多尔衮以旗主身份摄政，实际秉执国家的最高统治。多尔衮与阿济格、多铎是亲兄弟，原领有实力雄厚的两白旗。顺治五年，多尔衮加豪格（皇太极长子）以莫须有之罪名，将其囚死狱中，并乘机将隶属皇太极一家的正蓝旗夺为己有。
多尔衮兄弟实领两白一蓝三旗，威权自专，形成对皇权的巨大压力。两年后，多尔衮病死，福临亲政，时年十四岁，济尔哈朗对多尔衮一系展开反击，迫令阿济格自缢（此前，多铎已病死），追论多尔衮悖逆之罪，下诏追削封爵，又兴起大狱，处死了多尔衮亲近贵族重臣数十人。
顺治帝福临通过这些努力，沉重打击了宗室强藩，巩固了皇权。他在原有两黄旗的基础上，又把隶属多尔衮的正白旗划归己有，成为新上三旗，即正黄、镶黄和正白三旗。从此，正式形成了上三旗与下五旗的体制。
上三旗归皇帝亲领，地位高贵，人多势众，构成了八旗的核心。下五旗各司其职，成为诸王、贝勒等宗亲的分封之地。上三旗与下五旗的分治，是八旗制度的一次重大变革，是以皇权为代表的中央集权进一步加强的明显标志。
康熙元年（1662年），圣祖玄烨继位以后，陆续分封诸兄弟子侄为下五旗王公，与原有本旗王公共同管辖每一旗人丁，于是一旗中便有王公数人，不再存在一个旗主专擅一旗的局面。
康熙十八年（1679年）确定王公府属官员名额，并规定王公府属佐领下人在各王公门下行走。至于各王公名义上领有的旗分佐领，则归各旗都统管理。都统掌“宣布教养、整诘戒兵，以治旗人”，直接接受皇帝令旨，各旗王公从此无权干预旗务。
上三旗下五旗制度，形成了正身旗人社会地位事实上的差别。上三旗守卫皇城，挑选侍卫，皇帝外出时担任扈从，是皇帝最倚重的亲军。下五旗除守卫京城外，被大批派往各地驻防戍卫。康熙帝冲龄即位时，以索尼（正黄旗）、苏克萨哈（正白旗）、遏必隆、鳌拜（镶黄旗）为四辅政大臣，均出身上三旗，这说明上三旗人在参与政治方面享有优势。
为了破除上三旗与下五旗之间的隔阂，鼓励下五旗人为皇帝建功立业，清廷特别建立了“抬旗”制度，由“满洲下五旗，抬入上三旗者，谓之抬旗”。其本支子孙准许一同抬旗，同胞兄弟仍隶原旗。皇太后、太后母家在下五旗者均准予抬旗。
以后，抬旗形式又趋于多样化，上三旗汉军可以抬入同一旗分满洲旗。康熙母家孝康章皇后一家，佟佳氏原隶属汉军镶黄旗，后抬入满洲镶黄旗，后族抬旗之例自此始。包衣旗人也可以拨出抬入满洲旗。不同形式的抬旗，成为清代满、蒙、汉军旗人间，上三旗人与下五旗人、正身旗人与非正身旗人间成分流通的一种特殊途径。
康熙年间，以下五旗为王公贵族的分封之地，和硕亲王不再像清初那样领有全旗，而是由皇帝从上三旗拨给十五个满、蒙汉军旗分佐领和包衣佐领作为私属，亲王以下诸王、贝勒，也分别领有若干佐领。
此举虽然破除了旗主专擅一旗的积弊，但王公贵族仍以所得佐领为私产，在子孙中世袭。他们对所属佐领的旗人任意差遣役使，遇有过失，动辄锁禁，籍没家产。下五旗旗人身为国家官属，却处在诸王私人支配之下。
雍正年间，满洲都统五格，在雍正帝面前奏对时，对已经获罪削籍的允禟，仍口口声声称之为“主”。故主尚有如此淫威，足见下五旗旗人对旧日领主的人身依附关系之强。
胤禛在诸兄弟倾轧中最终夺嫡而得皇位，即位后便采取严厉措施对待兄弟，进一步激化了矛盾。当时亲王各有五六个佐领，兵丁三四百名，六个亲王所属兵丁多至二千四百至二千五百名，加上其他若干王公的兵丁，总数竟达四千余名。雍正帝为巩固地位，不遗余力打击诸旗王公权势，以杜祸患。
他借口“五旗之人，竟有二主，何以仰生”，严禁诸王对所属旗人擅行治罪；规定除王府护卫仍由本主升擢外，其余官员升擢皆归有司，诸王特权至此削弱。又禁止诸王私遣人役，需要时必须列名请旨。雍正帝通过裁抑宗藩，使自己的统治地位得以巩固。
从此，不但上三旗人为皇帝控制，下五旗人“虽各自有该管之主，而其心亦只知有君上，不知有管主”。此后，尽管八旗王公仍旧享有尊崇的政治地位，经济上领取优厚的俸禄，但对旗人已失去了昔日的权力。正身旗人不再是领主私属，成为皇帝的旗下平民。
二、内务府包衣三旗
上三旗下五旗分治后，各旗所有的包衣随之分为两个系统：上三旗包衣称“内务府属”或内府旗人，为皇家私属，编为内务府镶黄、正黄、正白三旗，俗称“内三旗”，亦分满、蒙、汉；下五旗包衣称“王公府属”，为各王私属，编为府属佐领、管领。
内三旗与八旗（指的是上面所述的外八旗）是两个独立的组织体系。有别于八旗佐领统属于各旗都统，内三旗初隶属领侍卫内大臣，康熙十三年（1674年）该归内务府，从此终清之世不改。
内三旗的构成与外八旗有所不同。内三旗以下，各设内参领；内参领下设有内府佐领、旗鼓佐领、内管领。内府佐领，即皇家所有的满洲佐领，成分为满洲平民；旗鼓佐领即皇帝所有的汉人佐领。康熙朝《大清会典》中，又把“旗鼓佐领”直接写成为“内务府汉军佐领”。
内管领原系家奴，在内三旗中地位最低，又称“辛者库牛录”意思是“内管领下食口粮人”。编入内管领的最初都是奴仆，以后内部成分又有变化。
清朝初期，内府旗人的身份地位较低，但由于他们是皇帝奴仆和私属，一旦为其宠信也能外放肥差、执掌重权，进而成为世家望族。内府旗人允许入学、考试、为官，旗鼓佐领下人在内务府的仕途升迁与满洲人同，升至九卿，亦占满缺。
《八旗满洲氏族通谱》中，内务府旗人被列为“满洲旗分内汉人”，在《八旗通志《中，他们被列入满洲官员志，而八旗汉军，则别列一门。因此，又可将内务府旗人视为八旗内部满洲化程度最高的汉人。
内务府旗人在一定条件下可以抬旗或改旗。顺治九年（1632年）议定：内务府三旗佐领、内管领下官员，有军功劳绩，奉特旨令其开出内府佐领、内管领者，各归上三旗旗下佐领。清中叶以后，内务府旗鼓佐领下人如大学士高斌、高晋等人，皆改隶外满洲镶黄旗。当然，在人数众多的内府旗人中，能有如此殊荣者，只是凤毛麟角。
内务府三旗的形成，是满洲皇族独掌三旗，并在八旗中确立其经济、军事、政治绝对优势的产物。同时，又保留着满人早期蓄奴的残余。内三旗与八旗并行存在，构成了清代旗人社会组织的一大特色。