河流水主要来自高山冰雪融化水及少量雨水；春夏季形成汛期，水量季节变化大；流经区气候寒冷，河流有结冰现象；大部分河段向北流河流有凌汛。叶尼塞河水量、水能资源均居俄罗斯首位。长度若以色楞格河为源也居首位。有2条源流，一是大叶尼塞河，一是小叶尼塞河。两河于克孜勒附近汇合后称叶尼塞河。叶尼塞河干流从南向北流，最后注入喀拉海的叶尼塞湾。流域面积260.5万平方千米，总落差1578米，平均比降0.41米/千米，河口多年平均径流量6255亿立方米，平均年输沙量0.12亿吨。
叶尼塞河干流从克孜勒至奥兹纳琴诺耶为上叶尼塞河，长约475千米，落差1000米；奥兹纳琴诺耶至安加拉河人汇处为中叶尼塞河，长约876千米；安加拉河河口至入海口称下叶尼塞河，长约2130千米。叶尼塞河水力资源丰富，在干流上建有大型克拉斯诺亚尔斯克水电站和萨彦-舒申斯克水电站，河流还是附近地区重要的水运干线，海轮可上溯至伊加尔卡，萨彦诺戈尔斯克以下定期通航。叶尼塞河流域内富森林、煤炭、铁、铜、有色金属以及水产资源。下游渔业发达。两岸景色秀丽，雄伟壮观，夏季旅游航线可达迪克森。主要河港有阿巴坎、叶尼塞斯克、伊加尔卡、杜金卡等。