细菌不可以保存成为化石这种说法是错误的。科学家曾在35亿年前的古老地层中发现了类似蓝细菌的化石。蓝细菌比大部分细菌都大，能够分泌一层薄薄的细胞壁。蓝细菌能够形成大的层状结构，这种结构被称为叠层石。如果将这种叠层石磨成薄薄的片，在其中可能发现保存精细的蓝细菌和藻类化石。
化石是存留在岩石中的古生物遗体、遗物或遗迹。化石中最常见的是骨头与贝壳等，研究化石可以了解生物的演化并能帮助确定地层的年代。保存在地壳的岩石中的古动物或古植物的遗体或表明有遗体存在的证据都谓之化石。
《山海经》也有“石鱼”（即鱼化石）的记述；南朝齐梁时期陶弘景有对琥珀中古昆虫的记述；宋朝沈括对螺蚌化石和杜绾对鱼化石的起源，已有了正确认识。迄今，发现最早的细菌化石为距今35亿年前的澳大利亚瓦拉翁纳群中的丝状细菌化石。